Uno dei maggiori vantaggi di un trapianto dentale autogeno è la totale compatibilità biologica. Spostando un dente da una posizione all'altra all'interno della stessa bocca, si eliminano i rischi di rigetto che possono accompagnare materiali estranei o impianti artificiali. Il tessuto del paziente è completamente compatibile con sé stesso, riducendo il rischio di infiammazione e di reazioni avverse.

Il trapianto di un dente autogeno consente la conservazione del tessuto osseo e gengivale nella zona del trapianto. Questo è particolarmente vantaggioso perché il dente trapiantato stimola l'osso circostante, aiutando a mantenerlo sano e prevenendo l'atrofia ossea che spesso accompagna la perdita di denti. Inoltre, la conservazione del tessuto gengivale aiuta a mantenere un aspetto naturale.

Poiché il dente trapiantato è un dente naturale del paziente, l'aspetto finale può essere estremamente naturale sia in termini di forma che di colore, offrendo vantaggi estetici significativi. Non ci sono differenze di colore o di forma che si possono talvolta notare con le protesi o gli impianti dentali artificiali, rendendo il dente trapiantato praticamente indistinguibile dai denti adiacenti.